Faruk Şen (21 Nisan 1948, Ankara - 25 Ocak 2025, İstanbul), Alman vatandaşı Türk akademisyendir. 1967 yılından beri Almanya'da yaşayan Faruk Şen, 1985 yılından 2008 yılına kadar Türkiye Araştırmaları Merkezi'nin yöneticiliğini yaptı. 26 Ocak 2025'te kanser sebebiyle hayata gözlerini yumdu.

İstanbul Alman Lisesi mezunudur. Lise eğitimini tamamladıktan sonra uzmanlık eğitimi için Almanya'ya gitti. 1967 yılında Münster Vestfalya Wilhelm Üniverstitesi'ne kabul edildi. 1971 yılında işletme idaresi uzmanı olarak mezun oldu.

1981 yılında yabancılardan sorumlu sosyal danışmanlık vazifesiyle Duisburg Halk Okulu'nda çalışmaya başladı. 1983 yılında Okula Uyum Projesi ve Çocuk Hizmetleri Kurumu'nda yönetici olarak çalıştı. 1985 yılında Almanya'nın Essen kentinde Alman hükûmetinin desteğiyle Türkiye Araştırmaları Merkezi kuruldu ve yönetici olarak Faruk Şen görevlendirildi. 1990 yılında Duisburg-Essen Üniversitesi'nde profesör unvanı aldı.

1993 yılında Almanya Sosyal Demokrat Partisi'ne üye oldu. Aynı dönemde tanıştığı psikiyatri mütehassısı İnci Şen ile evlendi.

3 Temmuz 2008'de Türkiye Araştırmaları Merkezi yöneticiliği görevinden uzaklaştırıldı. Almanya'daki Türk göçmenlerin durumunu Nazi döneminde Yahudiler'e yapılan zulme benzettiği için ağır eleştirilere, hatta iftiralara maruz bırakılan Şen, 2008 yılı sonunda Kuzey Ren-Vestfalya eyalet idaresi ile uzlaşarak görevinden istifa etti.

Faruk Şen, Türkiye-Avrupa Eğitim ve Bilimsel Araştırmalar Vakfı TAVAK'ın başkanlığını yürütmekteydi.